Ανήμερα της ενθρόνισής του το 2006, ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β, τάφηκε – 16 χρόνια μετά – στην κρύπτη, που ο ίδιος επέλεξε όντας εν ζωή, με την Ιερά Σύνοδο σύσσωμη, τα τρία του αδέρφια, Δημήτρη, Αντώνη και Μαρούλα κι άλλους συγγενείς και ιερωμένους, να τον συνοδεύουν για τον ύστατο αποχαιρετισμό.
Η καμπάνα του Καθεδρικού Ναού Αποστόλου Βαρνάβα χτύπησε πένθιμα όταν στρατονόμοι σήκωσαν το φέρετρο προς την έξοδο από τον ναό. Η φιλαρμονική ορχήστρα της Αστυνομίας παιάνιζε τον εθνικό ύμνο και αγήματα των σωμάτων της Εθνικής Φρουράς παρατάχθηκαν έξω από τον Ναό, όταν το φέρετρο με τον Αρχιεπίσκοπο εξήλθε της εκκλησίας. Η πομπή ακολούθησε ημιπεριμετρική διαδρομή και από τον υπόγειο χώρο στάθμευσης μπήκε στον ειδικό χώρο όπου έγινε η ταφή.
Την ώρα της ταφής, άγημα του στρατού έριξε τιμητικά τρεις βολές στον αέρα έξω από την κύρια είσοδο της Αρχιεπισκοπής. Στην ταφή παρούσα ήταν και η Πρόεδρος της Βουλής, Αννίτα Δημητρίου.
Η μίτρα και ο σταυρός (αντίγραφα) του Αρχιεπισκόπου, τοποθετήθηκαν μαζί με το φέρετρο και το σκήνωμα, στο ειδικό μνήμα, το οποίο θα σκεπάσει μια μεγάλη πλάκα από μάρμαρο.
Από τη γιγαντοοθόνη έξω από τον καθεδρικό ναό, ο κόσμος παρακολουθούσε συγκινημένος την πομπή και την ταφή. Αρκετοί απλοί ιερείς όλων των θρησκευτικών ομάδων της Κύπρου, ήταν επίσης παρόντες.
Να σημειωθεί ότι η Ιερά Σύνοδος έχει αποφασίσει την τέλεση για 40 ημέρες καθημερινώς Θείας Λειτουργίας στον Καθεδρικό Ναό υπέρ της αναπαύσεως της ψυχής του Αρχιεπισκόπου ο οποίος εκοιμήθη στις 7 Νοεμβρίου.
